苹果异形小卷蛾起源于埃塞俄比亚地区，是撒哈拉南部非洲国家的果树（尤其是柑橘）和农作物上的重要害虫。欧洲及地中海植物保护组织（EPPO）数个成员国经常截获该虫。EPPO植物检疫专家组决定将苹果异形小卷蛾加入EPPO有害生物警示名单。
在EPPO区域，该虫目前仅在以色列局部存在。1984年，在以色列首次发现于澳洲坚果上。2003年仍有发生，但局限于棉花和荨麻上。2009年，在荷兰温室辣椒上发现该虫，随后被根除。后来，在几个北欧国家(如荷兰、瑞典、英国)偶尔有昆虫学者报道该虫，但似乎并非来自定居种群。
在非洲，该虫分布于安哥拉、贝宁、布基纳法索、布隆迪、喀麦隆、佛得角、中非共和国、乍得、刚果民主共和国、科特迪瓦、厄立特里亚、埃塞俄比亚、冈比亚、加纳、肯尼亚、马达加斯加、马拉维、马里、毛里求斯、莫桑比克、尼日尔、尼日利亚、留尼汪岛、卢旺达、圣赫勒拿、塞内加尔、塞拉利昂、索马里、南非、苏丹、斯威士兰、坦桑尼亚、多哥、乌干达、赞比亚、津巴布韦。