韩国即将与日本签署《军事情报保护协定》的消息27日传出后，韩国一些人士提出批评和反对，缘由是日本没有完全忏悔侵略战争罪行。
执政党新国家党国会议员金乙东说，“韩国和日本之间还有多个问题没有解决”，包括独岛(日本称竹岛)领土争端和“慰安妇”赔偿问题。
她告诉韩国联合通讯社记者：“这种情况下，国民感情上不会接受与日本签署军事协定。”金乙东的祖父金佐镇和父亲金斗汉都是抗日英雄。
另一些人担心，韩日军事协定可能刺激朝鲜以及中国和俄罗斯；韩国、美国和日本可能以韩日《军事情报保护协定》为契机扩大三边军事合作，如果因此致使其他东北亚邻国加强军事合作，朝鲜半岛地区安全局势将陷入紧张。
韩国国防部长官金宽镇原定5月下旬访日本并签署《军事情报保护协定》，受到舆论和在野党抗议后取消访日计划，承诺充分考虑民意，谨慎处理。仅仅一个多月后，韩国政府26日在内阁会议上批准协定，却没有公布这一消息。
韩联社说，韩国政府一直保密，直至本国媒体披露协定最早29日签署才承认。
一些分析师说，本月14日韩美“2＋2”外交部长和国防部长会谈时，美国向韩国施压，要求尽快签署韩日《军事情报保护协定》。
韩国外交通商部高级官员反驳说，韩国自第二次世界大战结束以来首次与日本签署军事协定，是因为军事情报合作有利于韩国国家安全，并非出于美国压力。